Η εύρεση ενός ολόκληρου σκελετού κατά τη διάρκεια μιας ανασκαφής φέρει ένα ιδιαίτερο ενδιαφέρον με τα ερωτηματικά, που δημιουργούνται για την ταυτότητα του ατόμου, στο οποίο ανήκει ο σκελετός, το φύλο, την ηλικία, την  ασχολία του και την θέση, που κατείχε στο κοινωνικό σύνολο, όπου ζούσε. Η επιστήμη που ασχολείται με αυτή την έρευνα ονομάζεται Παλαιοπαθολογία/Παλαιοανθρωπολογία.

Συχνά η ταυτοποίηση αυτή είναι δύσκολη εφόσον σπάνια έρχονται στο φως όλα τα τμήματα του σκελετού. Αυτό οφείλεται συνήθως σε πολλούς παράγοντες, όπως στην επίδραση του εδάφους, τη μετακίνηση των οστών από μετακινήσεις του εδάφους ανά τους αιώνες ή την απομάκρυνσή τους κατά τη διάρκεια παλαιότερου ανοίγματος του τάφου, με σκοπό την κλοπή πολύτιμων αντικειμένων, κοσμημάτων, όπλων, που τοποθετούνταν μαζί με το νεκρό κατά την ταφή.

Επιπλέον η έρευνα των ευρεθέντων σκελετών δυσκολεύεται και από έναν ακόμα παράγοντα, τη διάβρωση της επιφάνειας αυτών από το έδαφος. Αυτό που θα χαρακτηρίζαμε ως  «Erosion» ή «Sinter» δεν είναι τίποτε άλλο από την αλλοίωση της επιφάνειας των οστών και των αρθρώσεων από την τριβή με πέτρες, εισαγωγή ριζών από φυτά, δαγκώματα τρωκτικών ή και εναπόθεσης ουσιών στην επιφάνεια των οστών, όπως αλάτων και κρυστάλλων.

Αφού καθαριστούν προσεκτικά  τα οστά, γίνεται αρχικά η ταξινόμησή τους στο μέρος του σώματος που ανήκουν, άνω ή κάτω άκρα, σπονδυλική στήλη, θώρακας ή κρανίο. Εάν έχουμε σε έναν τάφο περισσότερα από ένα άτομα, τότε πρώτα γίνεται ο διαχωρισμός τους ανά άτομο και μετά μεμονωμένα η ανάλυση του καθενός. Κατόπιν γίνεται καταγραφή της ύπαρξης ορισμένων χαρακτηριστικών, που βοηθούν στον προσδιορισμό του φύλου και της ηλικίας. Τέτοια χαρακτηριστικά βρίσκουμε συνήθως στο κρανίο, τη λεκάνη και στο μήκος των μακρών οστών (Οστεομετρία), KNUSSMANN: Lehrbuch der Anthropologie.

Το επόμενο βήμα της μελέτης περιλαμβάνει την εξέταση των οστών αναφορικά στην εύρεση παθολογικών αλλοιώσεων, όπως οστεοαρθρίτιδας, οστεομυελίτιδας, παλαιών καταγμάτων κ.ά. Αλλά ακόμα και συστημικές ασθένειες αφήνουν πολλές φορές  σημάδια στην επιφάνεια των οστών , όπως η αναιμία, οι ρευματοπάθειες, μεταβολικές ασθένειες κ.ά.

Τα αποτελέσματα μιας τέτοιας ανάλυσης συγκρίνονται πάντα με τις υπόλοιπες πληροφορίες, που έχουμε για το συγκεκριμένο τάφο και για τον αντίστοιχο πληθυσμό (Παλαιοδημογραφία). Τέτοιες πληροφορίες δίνουν αντικείμενα, όπως ατομικά είδη δίπλα στο νεκρό, όπλα, τμήματα από την ένδυση ή γραπτά κείμενα. Ο προσδιορισμός των συστατικών του εδάφους και η ανάλυση DNA μας φέρνουν  πιο κοντά στις απαντήσεις μας. Η συνήθης όμως μελέτη συμπεριλαμβάνει τη μακροσκοπική εξέταση, τη χρήση ακτινογραφιών ή τομογράφου, την ιστολογική εξέταση (Παλαιοιστολογία) και την ενδοσκόπηση, π.χ. του ενδοκρανιακού χώρου, σε καλά διατηρημένο κρανιακό σκελετό.

Αναφορικά στην Παλαιοιστολογία, μας δίνεται η δυνατότητα να διακρίνουμε δομές των οστών αλλά και των μαλακών μορίων, που με οποιαδήποτε άλλη μέθοδο δεν θα ήταν εφικτό. Η προετοιμασία του ιστολογικού παρασκευάσματος γίνεται με ειδικά γι αυτό μηχανήματα τομών εξαιρετικής ακρίβειας, για την καλύτερη δυνατή απεικόνιση.