Τα τελευταία χρόνια οι ερευνητικές δραστηριότητες του Μουσείου έχουν πολλαπλασιάσει τον όγκο των επιστημονικών συλλογών του, έχοντας συγκεντρώσει περισσότερα από τριάντα χιλιάδες ταξινομημένα και αρχειοθετημένα παλαιοανθρωπολογικά και προϊστορικά ευρήματα.

Οι πιο σημαντικές από τις πρόσφατες ερευνητικές δραστηριότητες του Ανθρωπολογικού Μουσείου είναι οι παλαιονθρωπολογικές έρευνες σε σπηλιές της δυτικής Μάνης. Ιδιαίτερα στη θέση Απήδημα, οι έρευνες είχαν αποτέλεσμα την ανακάλυψη στους ανώτερους στρωματογραφικούς ορίζοντες του χώρου ανθρώπινων απολιθωμάτων Κρο-Μανιόν (=Homo Sapiens) ηλικίας είκοσι έως τριάντα χιλιάδων χρόνων και στα παλαιότερα στρώματα του ίδιου χώρου ανθρώπινων ευρημάτων που ανήκουν σε προγονικές μορφές του Homo neanderthalensis (=Προ-Νεάντερταλ) και η ηλικία τους ξεπερνά τις διακόσιες πενήντα χιλιάδες χρόνια.

Τα ευρήματα που αναφέρθηκαν παραπάνω θέτουν με καθοριστικό τρόπο το ερώτημα της συμμετοχής του γεωγραφικού μας χώρου στην εξέλιξη του Homo sapiens και ιδιαίτερα της σημασίας του για την παρουσία και την εξέλιξη του ανθρώπου στον ευρωπαϊκό χώρο, θέση που είχε διατυπωθεί και πάλι στο χώρο του Ανθρωπολογικού Μουσείου πριν από εξήντα χρόνια από τον Adalbert Markovits.

Η βασική υποχρέωση ενός μουσείου για την προστασία των επιστημονικών συλλογών του δεν περιλαμβάνει μόνο την ευθύνη φύλαξης και συντήρησής τους, αλλά και τη διασφάλιση πληροφοριών προέλευσης και τεκμηρίωσης των συλλογών αυτών, καθώς και τη συγκέντρωση των στοιχείων μελέτης επιστημονικής ερμηνείας τους.

Η αξιοποίηση των επιστημονικών συλλογών ενός μουσείου επιτυγχάνεται με τη σωστή διαχείρισή τους που υπαγορεύεται από την εξασφάλιση μέσων πρόσβασης του κοινού στις συλλογές και τα αρχεία του μουσείου για ενημέρωση ή μελέτη με τρόπους που να μη θέτουν σε κίνδυνο την ασφάλεια των συλλογών και την επίτευξη των γενικότερων επιστημονικών στόχων του μουσείου.

Απαραίτητες προϋποθέσεις για το σκοπό αυτό είναι η άρτια συγκρότηση και παρουσίαση των εκτεθειμένων συλλογών στη βάση αισθητικών και εκπαιδευτικών κριτηρίων, καθώς και η κατάλληλη οργάνωση των αποθηκευμένων συλλογών, έτσι ώστε να εξυπηρετούν τις ερευνητικές δραστηριότητες στο χώρο του μουσείου.